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腫瘤標志物較多，下面主要談一談AFP，PSA和CEA測定的標準化問題。AFP由于其具有相對的肝臟特異性，在臨床上主要用于原發性肝癌的輔助診斷，此外還可用于妊娠中3個月胚胎21三體型（Down綜合征）的母體篩檢。在原發性肝癌的診斷中，雖不要求有非常準確的量，但表示異常的參考值的確定對該項測定的價值很重要。不同廠家試劑、不同方法間的參考值有可能不一樣，這就需要在建立方法時，用大量的實驗及標準晶來證實。AFP用在Down綜合征的篩檢更需要AFP測定的標準化，因為篩檢時，在妊娠的每一周，都要將AFP的濃度轉換成一參考人群中值的倍數，因此，在測定校準上的小的差異都會對后面危險因子的計算有很大的影響，故每一個篩檢實驗室都必須分別建立其自己的參考值。AFP標準（1S）1U大約相當于1．2Pg。PSA是一種分子量為30kD的絲氨酸蛋白酶，當其進入血液循環時即與蛋白酶抑制物形成復合物，血清中約50％～98％免疫反應性PSA以與。：—抗糜蛋白酶（ACT）結合的形式存在，其余大部分是游離，少部分與。：—抗胰蛋白酶結合，血清中還含有用通常的免疫測定方法測不出的PSA-。：—巨球蛋白（AMG）復合物。 目前已有的PSA測定方法對PSA-ACT的測定能力各有不同，在該復合物中有一些PSA的決定簇被ACT所覆蓋，從而導致其與多克隆抗體的反應性降低。目前PSA的免疫測定幾乎均使用依據兩個單抗或一個單抗和一個多抗的雙抗夾心模式，后者常造成PSA-ACT測定結果偏低，但使用某些單抗時亦如此，在某些測定方法中，通過將其與一個平衡測定兩種成分的方法進行比對校準而對原方法的偏低結果進行補償。PSA測定的另一個問題是校準品的基質，如果將純化的PSA加入至血清中，將形成與ACT和AMG的復合物，但由于PSA試驗不能測定PSA-AMG復合物，于是有大約30％～45％的PSA不能測出，因此，應使用血清作為PSA校準品的基質，這樣才能反映PSA在血液中的真實情況。一個合作研究研制了一個PSA參考標準，該標準品由10％游離PSA和90％PSA-ACT組成，使用該標準品校準的測定試驗給出了相似的結果，盡管其并沒有以等摩爾的方式測定每一種形式的PSA。使有這種標準品可迅速地改善不同測定試驗之間結果的可比性。由于在前列腺癌患者中PSA-ACT所占總PSA的比例遠高于良性前列腺疾病，因此，可通過分別測定PSA和PSA-ACT，然后計算其比例而提高PSA測定的診斷價值。故而有必要對這兩種形式的PSA分別制備標準品。臨床上PSA的測定已越來越多地用于前列腺癌的篩查，在測定校準上的微小差異也會對篩檢為陽性的男性的數量有較大影響，因此，PSA測定的標準化極為重要。由于CEA有一族相關的抗原，因而其特異的測定較為麻煩。例如，正常交叉反應抗原NCA）由粒細胞產生，在血循環中以相當高的濃度出現。NCA-2是CEA的一個胚胎性（糖基化）變異體，此兩種抗原均由成人和胚胎結腸黏膜產生，某些癌癥患者，產生的CEA部份是胚胎型（NCA-2）的。目前已有的CEA測定試劑與NCA無甚交叉反應，但與NCA-2則有不同程度的反應性，這一點以及CEA的不均一性說明了在不同CEA測定試劑間的差異存在的原因。已有CEA的標準品，但其一般以質量單位表示。
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