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由于在流式細胞實驗過程中，熒光抗體對單細胞懸液的標記效果直接影響實驗的數(shù)據(jù)質(zhì)量。因此，需要考慮各種影響流式抗體品質(zhì)及檢測效果的因素，例如抗體特異性、熒光素信號強弱、熒光素標記方式、同型對照等。
流式抗體的選擇：
1 流式抗體本身也是抗體，所以選擇流式抗體一定要滿足抗體選擇zui基本的條件：目標蛋白特異性，反應種屬以及應用實驗。
2 流式抗體熒光標記的方式包括直接標記和間接標記兩種。在流式實驗過程中，盡量減少實驗工序和過程，以保證實驗的真實和準確性。因此在條件允許的范圍內(nèi)，建議盡量用直接標記的抗體進行實驗而不去做間接標記。
3 流式抗體熒光標記的選擇：如果實驗中檢測單一指標：不同熒光標記在不同的儀器上強度不同。FACS Calibur儀器為例：PE ＞APC ＞PE-Cy5 ＞PerCP ＞FITC ＞PerCP-Cy5.5，通常來說，PEzui強，適用于弱表達抗原。FITC強度較弱，適用于強表達抗原，使用范圍比較廣。用戶需根據(jù)檢測的目標蛋白進行具體選擇。如果同時檢測多個指標：確認流式細胞儀能檢測多少個通道：流式抗體每個通道只能選擇1種熒光素。各個通道之間的熒光素可以隨意搭配。如：實驗者同時檢測三個指標，可以在圖1中綠色、和紅色三個通道中各選一個適當?shù)臒晒馑貥擞洠現(xiàn)ITC、PE和PE-cy5。切忌所有指標選擇同一個通道的熒光標記，以防止熒光的重疊和相互干擾，影響zui后結(jié)果。因此，流式細胞儀的通道越多，同一份樣本能同時做的表面/胞內(nèi)標志就越多。常用熒光標記包括FITC, PE, PEcy5, PEcy5.5, APC等。
同型對照的選擇：
流式細胞實驗和其他抗體相關(guān)實驗有點不同的就是需要選擇同型對照。同型對照，是用于消除由于抗體非特異性結(jié)合到細胞表面而產(chǎn)生的背景染色，相當于實驗的陰性對照。同型對照選擇與標記抗體同種屬來源，同亞型，同熒光標記的抗體。比如：抗人的CD3的PE標記的抗體，小鼠的IgG2a。同型對照選擇PE標記的小鼠的IgG2a。
流式抗體使用注意事項：
1、建議實驗細胞的數(shù)量和抗體的比例要適當。細胞過量或抗體過量都可能使實驗結(jié)果受影響，因此需要優(yōu)化試驗條件。注：不同的流式技術(shù)對抗體的需求量有較大差異，例如傳統(tǒng)流式細胞術(shù) （采用鞘液流系統(tǒng)）需要1×106個細胞為起始上樣量，抗體用量為10μl，而微流式細胞術(shù) 則只需5×105個細胞，抗體用量減少到5μl。
2、直標的流式抗體應該4℃避光保存，不要冷凍。
3、盡量選擇經(jīng)實驗驗證的流式抗體，以保證實驗結(jié)果。